Sívori giải nghệ cầu thủ năm 1969. Tuy trở lại quê hương Argentina khi đã giàu có, tình yêu bóng đá của Sívori vẫn nguyên vẹn, và ông tiếp tục gắn bó với bóng đá với vai trò huấn luyện viên. Ông lần lượt huấn luyện các câu lạc bộ Argentina: River Plate, Rosario Central, Estudiantes de La Plata, Racing Club và Vélez Sársfield.

Từ 1972 đến 1974, Sívori dẫn dắt đội tuyển Argentina. Ông giúp đội bóng vượt qua vòng loại World Cup 1974. Sívori là người đã gọi Ubaldo Fillol vào đội tuyển quốc gia. Về sau Fillol trở thành ột trong những thủ môn xuất sắc nhất trong lịch sử bóng đá Argentina. Sau khi thôi dẫn dắt Argentina, Sívori làm người phát hiện cầu thủ ở Nam Mỹ cho câu lạc bộ Juventus.

Tháng 3 năm 2004, ông được Pelé chọn vào danh sách 125 cầu thủ còn sống xuất sắc nhất. Tháng 2 năm sau (2005), Sívori mất tại quê nhà San Nicolás ở tuổi 69 vì ung thư tuyến tuỵ.